Leyendo el README que viene en las distribuciones fuentes del Linux Kernel encontré un tip interesante para compilar el kernel linux sin intervencion de root directamente. Esto se hace creando una carpeta local al usuario "non-root" donde generaremos la estructura de compilación del nucleo.
$ mkdir ~/build/kernel
$ cd /usr/src/linux-2.6.N
$ make O=~/build/kernel menuconfig
$ make O=~/build/kernel
$ sudo make O=~/build/kernel modules_install install
Recuerde especificar el nuevo nucleo y sus parametros necesarios para arrancar en /boot/grub/grub.conf
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